Afirma haber matado a su familia y al menos a un millar de personas. Su madre era una prostituta y debido a su profesión, no sabe nada acerca de su padre. Aun así, hizo un juramento de silencio para cuidar de su madre hasta que su padre llegase a casa. Cuando tenía quince años, Genjuro mató a un hombre que se había quedado en su casa, pues siendo un cliente de su madre, se había emborrachado y había amenazado con lastimarla. Tras ello, Genjuro se volvió para salir de su casa para siempre, pero ella le atacó mientras maldecía su existencia, y de aquel ataque aún conserva la cicatriz en su espalda. La mató en represalia.
Siendo huérfano, Nicotine Caffeíne lo vio y lo tomó bajo su tutela y junto con Haohmaru, en su casa. Ambos estudiantes eran muy buenos amigos, pero el hambre de poder de Genjuro preocupaba al maestro. Para poner a prueba a sus alumnos, los tentó a pelear por una preciada espada, la Fugudoku. Fueron probados en combate frente a frente con un grupo de otros luchadores. Genjuro, creyendo que la gente sin valor no merecían la vida, mató a todos sus oponentes durante dicha prueba. Finalmente, abandona la casa de Nicotine tras darle un gran disgusto debido a este suceso, así que cegado por el odio, juró matar a Haohmaru y a Nicotine. Dicha actitud no era de extrañar, pues desde siempre le había guardado rencor por sus firmes creencias idealistas sobre la lucha con espada. Odia a Haohmaru especialmente, porque se parece al hombre que estaba con su madre el día de la muerte de ambos. También se siente atraído por Shiki porque en cierto modo, le recuerda a su madre.
Su profesión durante sus viajes es el de Hitokiri, o asesino a sueldo. A menudo aceptar los trabajos más sucios y peligrosos, como acabar con bandas de piratas o con escondites de bandidos. Sus antiguos clientes incluyen a Sankuro Yorozu y a Mizuki Rashojin . En Samurai Shodown 64-2 , Genjuro llega a imponerse en su último duelo a Haohmaru, pero antes de que pudiera dar el golpe final, un chico lo apuñala en venganza por su padre sin nombre. Queda implícito de algún modo que Genjuro muere de sus heridas y como había prometido, un viejo Haohmaru brinda en honor a su amigo.
Similar a Ukyo, se cree que su muerte será aprovechada en futuras secuelas. La historia siguiente nos cuenta que Genjuro es atacado por dos asesinos, uno al que mata rápidamente y otro que de alguna manera sobrevive. Antes de que le de el golpe mortal, el asesino que sobrevive le dice que se trata de una prueba de un hombre llamado Golba, y que le ofrece unirse a él. Como Genjuro duda, el asesino se inmola, cosa que anima su interés, emprendiendo un viaje para encontrar a ese misterioso hombre. Todavía sigue vivo en su ending, en otra misión de asesino a sueldo, como de costumbre.
Genjuro tiene un lema que recita antes de matar a sus rivales. Dice más o menos así:
"Yo construyo un nido de bestia en mi corazón. El colmillo está gruñendo; Matar ... Vamos a matar. El colmillo está llorando; Matar ... Vamos a matar. Para calmarlo, no tengo otro modo que matar hombres. .."
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